2000年，在“三校合并”的基础上，重庆大学整合三校审计资源，成立了新的审计处。审计处在学校党政的领导下，依法独立开展内部审计，对学校内部的财政财务收支活动实施综合性经济监督。审计处对校长负责和报告工作。审计业务接受国家审计机关和教育部审计机构的业务指导。

2000年以来，审计处开展了财务收支审计、预算执行与财务决算审计、经济责任审计、绩效审计、科研经费审计、内部控制审计、基建及修缮工程项目审计等多种形式的审计工作。十四年来，审计处坚持“依法审计、服务大局、围绕中心、突出重点、求真务实”的审计工作方针，紧紧围绕学校的中心工作，逐步推进学校内部审计工作从以真实性、合法性为导向的财务收支审计向以内部控制和风险管理为导向的管理和绩效审计转型，促进我校内部审计的科学发展。

重庆大学审计处现有工作人员13人，其中：高级技术职务5人，硕士以上人员10人，党员干部11人。